Lý Hiển Long trở thành Phó thủ tướng khi Ngô Tác Đống (Goh Chok Tong) đảm nhiệm chức vụ Thủ tướng Singapore ngày 28 tháng 11 năm 1990, Lý chuyên trách các vấn đề kinh tế và dân chính, đồng thời tiếp tục nắm giữ chức vụ bộ trưởng thương mại và công nghiệp đến năm 1992.

Năm 1998, Lý Hiển Long được bổ nhiệm vào chức vụ Chủ tịch Cơ quan Quản lý Tiền tệ Singapore, và Bộ trưởng Tài chính năm 2001. Suốt trong mười ba năm rưỡi trong cương vị Phó thủ tướng, ông đã hành xử ảnh hưởng rộng lớn của mình giúp thúc đẩy tốc độ tăng trưởng của Singapore, đặc biệt là trong lĩnh vực kinh tế và xã hội.

Sau nhiều thỉnh cầu đến từ các nghị sĩ quốc hội và từ Uỷ ban Tái tạo Singapore, Lý Hiển Long khởi xướng một luật mới về quyền công dân khi nhận ra rằng phụ nữ Singapore kết hôn với ngoại kiều và sinh con ở nước ngoài mong muốn con mình có cơ hội nhập quốc tịch Singapore.

Mặc dù luật mới vẫn còn những hạn chế đối với quyền nhập quốc tịch theo huyết thống, một đứa trẻ sinh ở nước ngoài có thể có quốc tịch Singapore nếu cha mẹ đứa trẻ cư trú tại Singapore ít nhất là hai năm trong quãng thời gian năm năm trước khi đứa trẻ ra đời. Trước đây, luật lệ Singapore không công nhận quyền công dân theo huyết thống – trong trường hợp những người có cha mẹ là công dân Singapore nhưng sinh tại nước ngoài.